Vue aérienne de l'église en 2012. © AlainPetit

Lors de la « Renaissance » des années 1200, dans une petite clairière, près de l’eau, loin de toute habitation  (précepte bénédictin), est édifiée une seconde église abbatiale dont le porche s’ouvre au niveau du chevet de la précédente église édifiée sur le point le plus haut du fond de vallée. Les dimensions du nouvel édifice (92mx46m) sont considérables, comparables à celles d’une cathédrale.

La proximité des chantiers cathédraux de Paris ou de Senlis influence probablement les intentions du premier maître d’ouvrage, l’abbé Guillaume du Donjeon. Ce dernier, ancien prieur de Pontigny va quitter Chaalis en 1199 pour le siège archiépiscopal de Bourges. En 1218, il devient le premier cistercien inscrit au catalogue des saints.

Martyrologe universel, « Saints en France », 1709. 

« À Bourges, saint Guillaume, archevêque de cette ville qui ayant été premièrement chanoine de Soissons, puis de Notre-Dame de Paris, se fit moine de l’ordre de Grammont et passa ensuite dans celui de Cîteaux en l’abbaye de Pontigny, puis abbé de Fontaine-Jean en Gâtinais et enfin de Chaalis près de Senlis, il fut archevêque de Bourges par Eudes de Sully, évêque de Paris, au choix duquel les chanoines de Bourges s’en étaient entièrement rapporté. Son corps fut levé huit ans après sa mort et l’année suivante il fut canonisé par Honorius III. Ses reliques ont éprouvé la fureur des Calvinistes, hors une côte qui avait été donnée au Collège de Navarre à Paris par les chanoines de Bourges et un os du bras qui avait été porté à Chaalis. »

La seconde abbatiale est la première église cistercienne de style gothique ou francilien. Le chantier commence par l’élévation d’un chevet semi-circulaire, sans absidiole ni déambulatoire, et d’un transept dont les larges croisillons accueillent chacun sept chapelles dont quatre sont de forme hexagonale, dessinant ainsi un plan unique dans l’histoire connue du bâti religieux médiéval. Les travées de la nef sont ensuite élevées successivement.